A róla szóló első információk alapján Nílus egy egyházon kívüli, családos ember volt, a konstantinápolyi bíróság egyik hivatalnoka. Aranyszájú Szent János pátriárkasága idején, annak első száműzetése előtt ő irányította Nilust a Szentírás tanulmányozásában és a vallásosság terén. 390-ben vagy 404-ben Nílus elhagyta feleségét és egyik fiát, és másik fiával, Theodulossal a Sinai hegységbe ment, hogy szerzetes legyen. Ott éltek kb. 410-ig, amikor szaracénok támadták meg a kolostort és fiát foglyul ejtették.
Fel akarták áldozni a fiút istenüknek, végül azonban eladták rabszolgának, így a palesztinai Eleusa püspök tulajdona lett. Közben Nílus is elhagyta a kolostort, hogy fiát keresse, és sikerült is rátalálnia a püspöknél. A püspök mindkettőjüket szerzetessé szentelte és visszaengedte a Sinai hegyre. 430-ig biztosan életben volt Nílus, halálnak pontos ideje azonban ismeretlen, néhány író szerint 451-ig élt.