A katolikus tradíció egyik fellegvára a Jó Pásztor Intézet 2012-ben került válságba. Az intézeten belüli konfliktus 2012 tavaszán robbant ki. Ahogy akkor P. Stefano Carusi (a közösség szemináriumának rektora) nyilvánosságra hozta, az Ecclesia Dei Pápai Bizottság azt követelte tőle, hogy az általa szerkesztett blogról távolítson el két cikket. Magától az intézettől pedig azt követelte a pápai bizottság, hogy a papképzésbe jobban vonják be a II. Vatikáni Zsinatot és a tanítóhivatal legfrissebb megállapításait, valamint ismerjék el az 1992-es új katekizmust.
