Az új múzeum Nagaszakinak Heiwamacsi városrészében létesül, nem messze az Urakami katedrálistól. Urakami Japán és főleg a keresztények számára egy nagy jelentőségű épület. Urakami a nagaszaki atombomba ledobásának zérópontja. A székesegyházat, amely addig Kelet-Ázsia legnagyobb katolikus temploma volt, a föld színével tette egyenlővé az atombomba, megölve egyúttal Nagaszakiban, Japán katolikus központjában 65.000 katolikust. 1865-ben B. Petitjean katolikus missziós szerzetes Nagaszakiban olyan személyekkel találkozott, akiket katolikusként ismert föl. Ekkor szerzett róla tudomást a világ, hogy 200 évvel a kereszténység radikális üldözése és irtása után még mindig voltak keresztények, akik az üldözést illegalitásban élték túl.